加拉帕戈斯国家公园保护着厄瓜多尔群岛大部分陆地，也是这里享誉全球的重要原因之一。公园于1959年设立，覆盖群岛约97%的陆地面积；四座有人居住的岛屿上另有聚落。这个区别对旅行者很重要：加拉帕戈斯不是一个只有入口的单一景点，而是一片由不同岛屿和授权参观地点组成的广阔保护区。旅程会受到保护规定、岛间交通，以及步道、海岸和火山地貌所呈现的自然历史影响。
加拉帕戈斯国家公园管理局（DPNG）记载，保护区依据1959年7月4日第17号行政法令设立，成为厄瓜多尔第一个保护区。法令划出群岛大部分陆地，用于保护动植物。联合国教科文组织于1978年将加拉帕戈斯群岛列入世界遗产名录，后来又扩展遗产范围，将海域纳入其中。国家公园与加拉帕戈斯海洋保护区彼此相关，却属于不同的保护 designation：前者侧重岛屿陆地，后者保护广阔海域，并由相应管理制度负责。