圣地亚哥堡位于马尼拉王城（Intramuros）内一个关键位置，帕西格河在此汇入马尼拉湾。这个地势解释了它为何长期被不同政权用作军事要塞，但石墙并非历史的起点。马尼拉王城管理局记载，1571年建起的西班牙堡垒取代了与拉贾·苏莱曼旧马尼拉聚落有关的木栅围墙。因此，这里也是马尼拉滨水地区和权力变迁的一部分。
最初的西班牙防御设施由木材和泥土建成，1574年林凤（Limahong）进攻时被毁；1589至1592年间，堡垒改用石材重建。1645年地震造成损坏，之后又进行修缮和扩建。这些年代提醒游客，眼前并非未经改变的单一建筑，而是因战争、重建和军事需求而反复调整的防御体系。