底比斯考古博物馆坐落在古城卫城山脚下，收藏了来自波奥提亚地区的文物。底比斯在希腊神话中声名显赫，但博物馆提供了另一种理解历史的方式：通过实物，追溯波奥提亚从史前社群到拜占庭和后拜占庭时期的漫长变化。展览所讲述的不只是底比斯一座城市，也包括塑造这片土地的其他城镇、圣所、作坊与墓地。
博物馆在2015年完成大规模重组并重新开放。希腊文化部介绍，馆藏包含波奥提亚各地出土的重要文物，其中包括在底比斯迈锡尼宫殿“宝藏室”发现的圆柱印章，以及来自塔纳格拉的彩绘陶制拉尔纳克斯。文化部指出，这类彩绘陶棺在希腊大陆的发现中独具特色。它们值得细看，因为这些实物把葬俗、艺术表达和地方历史联系起来，而不需要只依赖神话故事来认识古城。