底比斯考古博物馆系统展示希腊中部维奥蒂亚地区从旧石器时代到后拜占庭时期的历史。博物馆于2015年完成重组并重新开放，展览面积约1000平方米，是认识希腊大陆历史的重要入口。其所在的底比斯在古代多个时期都是政治和文化中心，馆藏与城市遗址之间具有直接联系。
最珍贵的展品包括在底比斯迈锡尼宫殿“宝库”中发现的圆筒印章。这些体量不大的文物揭示了青铜时代的行政制度、贸易和远距离交流。来自塔纳格拉的彩绘陶棺同样引人注目，其装饰在希腊大陆极为罕见。展览还延伸至古典、希腊化、罗马、拜占庭及更晚时期，呈现维奥蒂亚社会的长期变化。
