在现代巴拿马城东侧，巴拿马旧城保留着西班牙王室于1519年建立的聚落遗迹，最初称为“圣母升天巴拿马城”。它是美洲太平洋沿岸最早的欧洲永久城市，地理位置使其成为海上航线与横越地峡陆路之间的重要节点。如今的考古遗址并不是殖民城镇的复原模型；游客走过的是发掘出的地基、仍然矗立的墙体、街道，以及宗教和公共建筑的遗存。古老聚落与周边现代首都之间的反差，也是参观体验的一部分。
这里常与巴拿马老城历史区混为一谈，后者是城市迁址后的所在地。两个地点彼此相关，却并非同一处。巴拿马旧城是原始城市的考古遗址；后来建立的新城位于更靠西南的一处半岛。巴拿马旧城保护委员会负责遗址的保护、研究和公共解说。先厘清这一区别，散落的遗迹就更容易理解：它们属于一座曾组织太平洋、通往加勒比海的路线与西班牙殖民网络之间交通的城市。