“梵蒂冈博物馆博物馆”不仅收藏了几个世纪以来教皇收集的大量艺术、考古学和民族人类学藏品，而且还包含一些使徒宫最非凡和最具艺术意义的房间。

博物馆藏品的任何历史都应该正确地从历代教皇选择作为居住地或私人祈祷和反思的房间的历史开始。第一个，按时间顺序，是尼科林教堂和博吉亚公寓。

在他担任教皇的第一年，当时最伟大的人文主义者之一，教皇尼古拉斯五世 (Parentucelli) 呼吁弗拉·安杰利科 (Fra Angelico) 用一系列献给圣斯蒂芬和圣劳伦斯。著名艺术家和多米尼加修道士弗拉·安杰利科（Fra Angelico）描绘了圣徒生活中的场景，取材于“使徒行传”。

装饰细节丰富，充满意味深长的典故，使尼科林教堂成为 15 世纪绘画中宗教与人文思想之间联系的完美典范。

1995 年和 1996 年对 Fra Angelico 的作品进行了精湛的修复。

尼古拉斯五世的继任者，教皇亚历山大六世（博吉亚）选择住在使徒宫最独特的侧翼，并委托贝纳迪诺·迪·贝托（Bernardino di Betto）进行装饰，后者更为人所知的是平图里奇奥。 1494 年，这项工作完成，一系列令人惊叹的壁画装饰着各个相互连接的房间。教皇去世后，房间空置，直到十九世纪末，博吉亚公寓才向公众开放。

今天，教皇亚历山大六世的大部分房间都用于展示保罗六世于 1973 年亲自揭幕的当代艺术收藏。