瓜因戈拉位于墨西哥瓦哈卡州特万特佩克地峡一带，靠近圣多明各·特万特佩克。考古区占据一座多洞穴的石灰岩山丘；特万特佩克大河从山丘东侧流向同名海湾。这里的地形帮助人们理解聚落的格局：陡坡、泉水和开阔视野共同塑造了一座城市，而非几座孤立的纪念性建筑。
地名有不同解释。墨西哥国家人类学与历史研究所（INAH）记录了一种萨波特克语词源，词根分别与“石头”和“大或古老”有关，常被译作“大石头”；另一个说法解释为“大山丘”或“古山丘”。因此不宜将单一译法说成定论。两种解释都令人想到当地的岩石地貌。瓜因戈拉既是山丘的名称，也指分布在山上的考古聚落。