理解马努国家公园，最好把它看作穿越多种生态系统的旅程，而不是一个观景点或从库斯科轻松往返的短途游。公园位于秘鲁东南部，保护流域从东安第斯山脉向亚马孙盆地下降，沿途经过高山草原、云雾林、云加林和低地雨林。联合国教科文组织登记面积为1,716,295公顷，海拔从约350米上升至4,000多米。剧烈的高度变化解释了为何一片连续景观中能容纳如此丰富的生境。
公园横跨库斯科和马德雷德迪奥斯两省，涉及帕乌卡尔坦博与马努地区。河流水系把山间溪流连到马努河，并在更南面汇入马德雷德迪奥斯河。这里地处偏远，仍难以抵达；教科文组织称世界遗产区域至今没有道路穿越。这种隔绝减少了许多外来影响，却也意味着旅程需要时间、获准的交通方式，以及针对具体旅游区安排的路线。
