如果游客把奈良之行局限于著名的鹿公园和东部的大寺院，元兴寺很容易被错过。寺院位于奈良町，即市中心南侧的旧商人街区，狭窄小巷和传统町屋构成了与大寺院截然不同的环境。寺院官方历史将其源头追溯至飞鸟时代早期佛教寺院飞鸟寺。710年都城迁往平城京后，寺院也迁至奈良，并以元兴寺为名。
古代寺院的规模曾远大于今天保存的范围。数百年间，政治变化、火灾以及寺院庄园逐渐衰落，都改变了建筑和用地。今天的元兴寺并不是一座完整无损保留至今的八世纪建筑群，而是一处留存下来的历史院落，建筑和馆藏保存了漫长历史的部分痕迹。理解这一点有助于正确参观：现在可见的紧凑寺院体现了经历损失与变化后的延续，并非对古都时代整座寺院的完整复原。
