药师寺的起源与皇室的一场危机有关。680年，天武天皇发愿建寺并造药师如来像，为其皇后祈求康复；这位皇后后来成为持统天皇。寺院官方年表记载，主尊在697年举行开眼供养，之后寺院才从飞鸟迁往新都平城京。这个故事将寺院创建与祈求健康联系起来，但今天游客所见的寺院也记录了数百年的宗教实践、火灾和重建。
药师寺成为奈良都城的重要官寺之一。它的布局与造像不只是皇室赞助的象征：寺院也是礼佛、学习与举行仪式的场所，核心围绕药师三尊展开。药师如来两侧侍立日光菩萨与月光菩萨，分别与太阳和月亮相关。这组造像构成金堂的精神中心，殿堂与佛塔的对称布局，则让整个院落呈现为经过规划的神圣空间。
